电子票箱系统软件由三个子系统组成：后台维护系统、人工台处理系统、服务器系统。三个子系统各自完成不同的功能，其中后台维护系统用于选票设计及人员管理，直接与后台数据库交互;人工台处理系统、服务器系统及电子票箱是选举过程需要相互关联的系统，三者独立工作，通过网络方式交换信息，相关数据存入后台数据库

　　后台维护系统主要完成选票样票的设计、代表信息的维护、系统数据库的维护等工作。以项目的方式组织选票，每个选举事项为一个项目。在同一张选票上既可以定义单个项目，也可以定义多个项目。系统按项目方式分类识别及管理。不同的项目可以设计为等额选择或差额选举两种方式。

　　人工台处理系统用于在选举过程中对另选人项目、无效项目、未识别选票进行分类处理。对另选人信息进行核实及录入、对未识别选票进行手动处理、对无效项目进行核实。该系统同时提供丰富的查询、搜索功能。在选举的过程中，可以根据实际情况启用多个人工台处理系统，以加快对另选人信息、废票信息、未识别票信息的处理速度。服务器系统将根据各人工台的处理速度自动的将待处理的选票路由到各人工台。

　　服务器系统是票箱系统的监测控制中心，主要完成以下功能：对系统数据库的初始化管理，该功能将清空数据库中的数据，将数据库置为初始状态。对人工台进行监测和管理，将电子票箱对选票的识别情况路由到各个人工台进行处理，同时实时的显示各人工台处理的相关信息。对电子票箱的工作情况进行监测和管理，控制电子票箱投票，收集电子票箱对选票的处理情况，同时还可以对有问题的电子票箱的数据进行相关的处理。可以对单台电子票箱进行开关操作。对选举结果进行分类管理，提供多种排序方式。